Creado por Real Orden en 1844, el Museo de Bellas Artes de Córdoba pasa por diferentes edificios de la ciudad hasta 1862. Es en esta fecha cuando llega como conservador Rafael Romero Barros y ocupa su sede actual, el desamortizado Hospital de la Caridad en la Plaza del Potro, compartiéndola junto con el Museo Arqueológico, desde 1864 hasta 1916, y otras instituciones culturales. Este edificio data su construcción a finales del siglo XV, sufriendo modificaciones en el XVI y el XVIII. La última ampliación más sustancial se produce en el siglo XX, ya como museo y bajo la dirección de Enrique Romero de Torres, hijo y sucesor de Romero Barros.

En 1931 se creó el anexo Museo Julio Romero de Torres, hoy independiente, en otro de los pabellones del recinto que pertenecieron a la Hermandad de la Caridad. La gestión de ambos era ejercida por la Diputación Provincial y el Ministerio de Instrucción Pública.

En 1984 se transfieren las competencias del Estado a la Junta de Andalucía, de este modo el Museo de Bellas Artes de Córdoba se convierte en un museo de titularidad estatal gestionado por la Junta de Andalucía.