Quejana se convirtió en lugar privilegiado para la defensa en la época medieval debido a su estratégica posición. En 1.378 se fundó un convento de monjas dominicas, que hoy en día es el núcleo principal del complejo de Quejana.

La Iglesia de San Juan guarda las reliquias de la Virgen del Cabello además de un retablo y varios sepulcros de tres generaciones de los Ayala.

En las inmediaciones, la Casa de los Ayala permite ver un modelo de construcción militar del siglo XIV. El Museo ocupa una de las alas del antiguo Palacio y en él se expone la historia de los Ayala.