En la actualidad, el museo acoge dos colecciones: una de arte contemporáneo, que pertenecía al fundador, formada mayoritariamente por obras de artistas de su generación (Fondos), y otra representativa de la obra del artista que da su nombre a la institución (Colección Manrique). Esta última se organiza en tres salas: Espacios —obra de intervención en el medio—; Bocetos —apuntes de sus murales, diseños, esculturas móviles y cerámicas—; y Pintura —una amplia selección de su producción pictórica.

La colección Arte-Naturaleza, en formación, está constituida por obras de artistas que toman la naturaleza como referencia central de sus comportamientos creativos, expresados en lenguajes contemporáneos. Será la primera colección de estas características existente en nuestro país. La colección y la política expositiva Arte-Naturaleza constituye la apuesta central de la Fundación en materia de artes plásticas.

Esta colección está unida al programa de artistas en residencia promovido por la FCM, que consiste en vincular las obras de la futura colección permanente de la institución con el paisaje de Lanzarote, de modo que el proyecto contextualiza las aportaciones artísticas, conjugando nombres y lenguajes internacionales con referencias insulares.

Hasta el momento, la colección Arte-Naturaleza está compuesta por obras de Nils-Udo, Thomas Joshua Cooper, Miguel Ángel Blanco, Axel Hütte, Hamish Fulton, Giuliano Mauri y Jan Hendrix.