El museo se encuentra en la Torre de Doña Ochanda, una casa fuerte del siglo XV que defendía desde su fachada exterior la muralla.

El palacio fue reconstruido en el siglo XVI por Don Andrés Martínez de Iruña que le puso el nombre de su hija, doña Ochanda.

La primera planta del museo está dedicada al mundo geológico y al interesante yacimiento de ámbar con inclusiones de insectos.

La segunda planta está destinada a las áreas de botánica y zoología.