El legado artístico del pintor aragonés Francisco de Goya y una amplia selección de la Colección Ibercaja, propiedad de la Fundación Ibercaja, son el eje fundamental que estructura el discurso expositivo de este espacio.
Las obras expuestas en la colección permanente, más de 500, abarcan desde el siglo XV hasta los años setenta del siglo XX.
- En la primera planta, la sección ANTECEDENTES DE GOYA muestra obras de pintura y escultura de los siglos XV al XVIII.
- La segunda planta se dedica al pintor aragonés. En la SALA GOYA está representada la pintura del artista y de algunos de los más importantes pintores de su época, y en la SALA DE GRABADOS se exponen las series completas que Goya realizó desde 1778 hasta 1825. El museo es el único espacio del mundo en el que se pueden contemplar las series completas de estos grabados.
- En la tercera planta se muestra el LEGADO DE GOYA, obras que reflejan la repercusión de la obra del pintor en artistas españoles y aragoneses de los siglos XIX y XX.
El edificio presenta un valor artístico añadido a la visita. Perteneció en origen al infanzón Jerónimo Cósida y lo construyó entre 1535 y 1536 el maestro de casas morisco Juan de Lanuza. Destaca el patio cuadrado con columnas anilladas coronadas por bellos capiteles y la decoración de grutescos y medallones de yeso en los antepechos, con un variado programa iconográfico relacionado con la familia del emperador romano Augusto.
El museo completa su oferta a los visitantes con nuevos medios tecnológicos: audioguías y tabletas que contienen explicaciones detalladas de más de 300 obras relevantes en español, inglés y francés.