Este espacio está ubicado en lo que fueron las dependencias de los astilleros Euskalduna, en la margen izquierda de la Ría de Bilbao. La Sociedad Euskalduna de Construcción y Reparación de Buques se constituyó en 1900. Y, supuso el arranque de la construcción naval civil moderna en el País Vasco. Después de años de esplendor, Euskalduna anunció su cierre en 1984.

La Ría de Bilbao ha experimentado un cambio espectacular estos últimos años. Vuelve a ser protagonista, esta vez como espacio de esparcimiento y ocio. El Museo además de elemento dinamizador de la ciudad y región, pretende conservar y difundir la historia, cultura e identidad de los hombres y mujeres que han vivido en y de la Ría de Bilbao, estrechamente ligada a la tradición marítima.