La mayor parte de los fondos corresponden a la etapa preindustrial de la farmacia, por lo que el grueso de las colecciones está constituido por recipientes para la conservación de simples o preparados medicinales y utensilios relacionados con la fase de elaboración y administración de fármacos. El primer grupo recoge piezas como botes, orzas, redomas, vasos brocales o cajas de madera. En el segundo se incluyen morteros, balanzas, unidades de medida, recipientes para la elaboración de aguas medicinales, botiquines y farmacias de viajes, así como una buena muestra de material de laboratorio utilizado en las prácticas destilatorias. A través de la colección de medicamentos se puede establecer  un recorrido desde los procedentes de la tradición precientífica como la “pezuña de la gran bestia”,   el “unicornio”, el cuerno de rinoceronte, la tierra sellada o la carne de momia, pasando por algunos de gran tradición en las farmacopeas, como la “triaca”, las cantáridas o las piedras bezoares, hasta llegar a las primeras preparaciones semi-industriales, estas últimas exhibidas junto a una a muestra de publicidad farmacéutica.

Junto a ellos se exponen cuatro boticas históricas, rescatadas y reubicadas en el museo y tres instalaciones museográficas recreando un laboratorio alquimista, una botica árabe y la botica del Hospital de San Juan de las Afueras (Toledo).

Para la fecha de su inauguración, 1951, ya se habían adquirido el grueso de las colecciones, Rafael Folch había alcanzado la edad de jubilación y su hijo, Guillermo Folch Jou, era encargado de cátedra, ocupándose de la dirección del Museo, cargo que mantendría hasta su fallecimiento en 1985. Desde esa fecha hasta la actualidad, la dirección de la Institución ha sido asumida por el catedrático de Historia de la Farmacia,  F. Javier Puerto Sarmiento.