La colección de negativos, iniciada poco después del 1900, está formada por placas y películas de vidrio, nitrato y acetato. Los negativos están archivados en varias series, según las medidas respectivas (35 mm / 4 x 4,5 cm estereoscópico / 6 x 9 cm / 9 x 12 cm / 13 x 18 cm / 18 x 24 cm), y con un número de registro secuencial dentro de cada serie.

La información es accesible mediante tres índices: un índice historico-artístico (arquitectura y urbanismo / escultura / pintura y dibujo / libros iluminados / estampas / orfebrería y metalurgia / vidrio / cerámica / textil / arqueología), subdividido en períodos cronológicos y, en su caso, clasificadas por centros de creación artística y/o por artistas; un índice topográfico, ordenado por provincias, con una organización alfabética por poblaciones y una subdivisión en vistas generales, edificios religiosos y civiles, museos, instituciones y colecciones públicas y privadas; y un índice cronológico con fichas de referencia al número de negativo correspondiente.         

Actualmente, el esfuerzo principal del Instituto Amatller de Arte Hispánico se dirige a la reconversión de todo el sistema tradicional, tanto fotografías como índices, a las tecnologías digitales. Con la intención de preservar la gran cantidad de información contenida en cada uno de los negativos de gran formato, las fotografías se digitalizan en imágenes de gran tamaño, de modo que los equipos actualmente disponibles puedan manejarlas con una cierta facilidad (hasta unos 50 Mb), y se almacenan en formato TIFF sin comprimir en CD-ROM. Imágenes pequeñas de referencia (de 720 pxl en la dimensión mayor) en formato JPEG se guardan en el disco duro del servidor, para consulta interna en línea.

La base de datos contempla ficheros de registro separados por edificios, bienes inmuebles, fotografías, imágenes digitales, personas, instituciones, bibliografía, documentación, etc., con las correspondientes referencias cruzadas. En diciembre del 2007, el número de imágenes digitales ha llegado a las 70.000, mientras que los objetos registrados supera los 40.000.