La Fundación tiene establecido su domicilio en la ciudad de Zamora, en el convento de San Francisco extra pontem, situado en la parte de la antigua carretera de Fermoselle que, hoy en día, forma la avenida del Nazareno de San Frontis. El emblemático espacio en el que estableció su sede, pudo hacerse realidad gracias a la suma de voluntades de instituciones como la Diputación Provincial de Zamora como propietaria del edificio, la Junta de Castilla y León y la Unión Europea a través de su programa Interreg II, quedando el edificio disponible para la realización de los fines fundacionales tras su inauguración el 31 de octubre de 1998.

Dado el carácter binacional de esta institución, la FRAH también posee sede en la ciudad de Bragança de Portugal.