El museo contiene materiales etnográficos recogidos desde la segunda mitad del siglo XIX por religiosos capuchinos en la vasta zona del Amazonas colombiano regada por los ríos Caquetá, Putumayo y Amazonas, que va desde la falda de la sierra andina hasta el trapecio amazónico, en el cruce fronterizo de Colombia, Brasil y Perú.

Actualmente en el Museo Etnográfico Andino - Amazónico se exponen algunos de los elementos más significativos de la etnografía, zoología y botánica andino-amazónica, así como una colección de cerámica precolombina, artesanías indígenas, máscaras rituals y otros testimonios etnográficos de otras culturas